L’iter di riforma del regolamento ha una lunga gestazione. L’origine si può far risalire alla Legge 419/1999, ed alle norme ad essa collegate, che prevedevano un riordinamento del sistema degli enti pubblici nazionali. La Giunta formulò una propria proposta di regolamento che venne presentata al Ministero nel luglio del 2001. Da allora ci sono state varie versioni del testo fino a quello approvato su proposta di Urbani, allora Ministro per i beni e le attività culturali, dal Consiglio dei Ministri n. 167 del 3 agosto 2004. Infine, l’unificazione strutturale della Giunta centrale per gli studi storici e degli Istituti storici, è stata regolamentata nel novembre 2005 con l’emanazione di uno specifico decreto (DPR 11 novembre n.255, pubblicato in G.U. n.294 del 19 dicembre 2005). Contro questo provvedimento sono ricorsi alla giustizia amministrativa tutti i membri della Giunta, compresi i presidenti degli Istituti ad essa collegati e alcuni membri dei loro Consigli (vedi testo del ricorso). Il Consiglio di Stato, con Ordinanza del 14 febbraio 2006, ha accolto questo ricorso, sospendendo così il regolamento come potenzialmente lesivo dell’autonomia della ricerca scientifica. Sono stati quindi reintegrati i precedenti organi in carica. Il 28 ottobre 2009 la Presidenza del Consiglio dei Ministri ha approvato lo schema di decreto presidenziale per il riordino della Giunta centrale per gli studi storici e degli Istituti storici. Lo schema approvato verrà inviato al parere del Consiglio di Stato e della Commissione parlamentare per la semplificazione della legislazione.